宏基因组学(Metagenomics),又称元基因组学。以特定生境中的整个微生物群落为研究对象,采用高通量测序技术,获得环境微生物基因组信息总和,以研究环境微生物的群落结构、物种分类、系统进化、基因功能以及代谢通路等。宏基因组测序技术促进了微生物资源的开发利用,并加速了微生态科研进程的深度研究。
1. 环境样本:土壤5-10 g,污泥/沉积物5-10 g,水体-滤膜过滤至有可见覆盖物,粪便3-5 g,血液10 mL;
2. DNA:总量 ≥ 1 μg,浓度 ≥ 10 ng/μL,OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解,无污染;
3. 送样管务必标清样品编号,管口使用Parafilm膜密封;
4.样品保存期间切忌反复冻融,送样时使用干冰运输。
1. 环境样本:土壤5-10 g,污泥/沉积物5-10 g,水体-滤膜过滤至有可见覆盖物,粪便3-5 g,血液10 mL;
2. DNA:总量 ≥ 1 μg,浓度 ≥ 10 ng/μL,OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解,无污染;
3. 送样管务必标清样品编号,管口使用Parafilm膜密封;
4.样品保存期间切忌反复冻融,送样时使用干冰运输。
16S测序和宏基因组测序有什么区别?
① 测序原理不同
16S测序是将提取好的微生物基因组DNA,通过对某一段或几段高变区序列(V4区或V3-V4区)进行PCR扩增,建库后进行测序。
宏基因组测序则是将微生物基因组DNA随机打断成300-500bp的小片段,在片段两端加入测序接头,然后进行测序。
② 物种鉴定深度不同
16S测序得到的序列很多注释不到种水平,而宏基因组测序则能鉴定微生物到种水平甚至菌株水平。
③ 研究目的不同
16S测序主要研究群落的物种组成、物种间的进化关系以及群落的多样性。宏基因组测序在16S测序分析的基础上还可以进行基因和功能层面的深入研究(GO、Pathway等)