宏基因组学（Metagenomics），又称元基因组学。以特定生境中的整个微生物群落为研究对象，采用高通量测序技术，获得环境微生物基因组信息总和，以研究环境微生物的群落结构、物种分类、系统进化、基因功能以及代谢通路等。宏基因组测序技术促进了微生物资源的开发利用，并加速了微生态科研进程的深度研究。
1. 环境样本：土壤5-10 g，污泥/沉积物5-10 g，水体-滤膜过滤至有可见覆盖物，粪便3-5 g，血液10 mL；
2. DNA：总量 ≥ 1 μg，浓度 ≥ 10 ng/μL，OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解，无污染；
3. 送样管务必标清样品编号，管口使用Parafilm膜密封；
4.样品保存期间切忌反复冻融，送样时使用干冰运输。
1. 环境样本：土壤5-10 g，污泥/沉积物5-10 g，水体-滤膜过滤至有可见覆盖物，粪便3-5 g，血液10 mL；
2. DNA：总量 ≥ 1 μg，浓度 ≥ 10 ng/μL，OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解，无污染；
3. 送样管务必标清样品编号，管口使用Parafilm膜密封；
4.样品保存期间切忌反复冻融，送样时使用干冰运输。
16S测序和宏基因组测序有什么区别？
① 测序原理不同
16S测序是将提取好的微生物基因组DNA，通过对某一段或几段高变区序列(V4区或V3-V4区)进行PCR扩增，建库后进行测序。
宏基因组测序则是将微生物基因组DNA随机打断成300-500bp的小片段，在片段两端加入测序接头，然后进行测序。
② 物种鉴定深度不同
16S测序得到的序列很多注释不到种水平，而宏基因组测序则能鉴定微生物到种水平甚至菌株水平。
③ 研究目的不同
16S测序主要研究群落的物种组成、物种间的进化关系以及群落的多样性。宏基因组测序在16S测序分析的基础上还可以进行基因和功能层面的深入研究(GO、Pathway等)
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