采用测序方法对各种细菌16S rDNA或者真菌的 ITS进行了广泛的研究,获得了大量的DNA序列信息,保守序列区域反映了生物物种间的亲缘关系,而高变序列区域则能体现物种间的差异。将测序得到的16S rDNA序列在NCBI上进行Blas比对,即可获知与该序列同源性较高的已知序列,为确定菌种的分类学地位提供依据。
菌株:需要提供纯化后的菌株,单克隆菌落(平板)或菌液(至少200uL),冰袋寄送
基因组DNA溶液:浓度≥50 ng/μL,总体积≥10μL,且纯度达标(OD260/OD280在1.6-1.8之间),干冰寄送
1. 交付内容
测序原始数据、比对结果、实验报告
2. 测试周期
7个工作日左右
3. 结果展示(部分)
以上内容仅供参考,具体以实际测试为准,不同仪器会有差异,需要了解详细的结果形式,请联系e测试工作人员
1、菌种鉴定可以鉴定到株吗?
不能鉴定到株,菌种鉴定结果通过比对相似度超过99%一般定义为同一种菌
2、PCR扩增切胶纯化测序出现套峰是什么情况?
测序结果个别碱基出现N,或者部分连续出现套峰,是由菌种rDNA多态性造成,对菌种鉴定无影响;所有测序反应均出现大面积套峰,由于客户提供样品模板不纯造成,这种情况需要客户重新纯化菌种