宏基因组测序的基本流程如下:
样本收集:获取含有病原微生物的临床样本或环境样本。
核酸提取:从样本中提取DNA或RNA,这一步骤需要注意避免污染。
文库构建:将提取的核酸片段化,并构建测序文库。
测序:使用高通量测序平台(如Illumina、PacBio或Oxford Nanopore Technologies)对文库进行测序。
数据分析:
质量控制:对原始测序数据进行质量过滤。
比对:将清洗后的序列与参考数据库比对,识别出其中的微生物物种。
分类和功能注释:根据比对结果进行分类学分析,并注释其潜在的功能。
统计和解读:对测序数据进行统计分析,得出结论。